Yayasan Perguruan Ibnu Khaldun Balikpapan menaungin 4 (empat) lembaga pendidikan yakni Madrasah Tsanawiyah (MTs), Sekolah Menengah Pertama (SMP), Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) dan Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) yang kesemua lembaga tersebut bernama Ibnu Khaldun. Keempat lembaga tersebut berkegiatan terpusat pada gedung yang beralamat Jl. Semoi Kecamatan Balikpapan Barat.